De geschiedenis van de zwarte stern in Nederland vertelt een verhaal van afname en bedreiging. Rond 1900 waren er nog 10.000 tot 20.000 paren die broedden in het laagveen, langs grote rivieren en op vennetjes van zandgronden. In 1975 was dit aantal gedaald tot twee- tot drieduizend nesten, en sinds 1990 schommelt het rond de 1400 nesten. In Fryslân broedden afgelopen jaar 215 paar, dat was een record sinds 1995. Over de afgelopen ca. 15 jaar broedden er gemiddeld 150-200 broedpaar. De zwarte stern staat dan ook op de Nederlandse Rode Lijst als een bedreigde soort.
Deze bijzondere vogel heeft zeer specifieke eisen voor zijn leefomgeving. Hij heeft schoon water nodig, geschikte broedplekken, rust, overvloedige insecten en jonge vis als voedselbron. Het verdwijnen van drijvende waterplanten, zoals krabbenscheer, heeft zijn geliefde nestplaatsen doen verdwijnen. Gelukkig gaat het nu, door jarenlang beschermingswerk, beter met de zwarte stern.